Visa pārtika, izņemot sterilo, satur mikroorganismus. Gan augu, gan dzīvnieku izcelsmes izejvielas satur barības vielas un mikrofloru no saprofītiskiem līdz patogēniem mikroorganismiem. Mikroorganismu daudzums ietekmē pārtikas kvalitāti. Tieši izejvielas ir primārais pārtikas produktu mikrofloras avots.